سابقه تاریخی بحرین در کتیبه های قدیم آشوری که به جزایری مرسوم به نام نیدوککی یا دیلمون اشاره دارد و حتی پیش تر بر میگردد. چناچه که تواریخ به سکونت فینیقی ها دراین جزایر اشاره میکنند که آثاری همچون قبور تاریخی موجود در بحرین از این دست شواهد تاریخی است .
اولین اثر بحرین در تاریخ ایران به حکومت امپراتوری هخامنشی باز میگردد جائیکه برای اولین بار حکومت ایران برای تثبیت جایگاه خود دست به تشکیل نیروی دریایی می زند و به کمک یونانی ها و فینیقی ها کشتی ساخته و در مدت زمان کوتاهی نیروی دریایی بزرگی فراهم می آورند و بر حدود دریایی خویش از جمله جنوب خلیج فارس مسلط می گردند . در سال 326 قبل از میلاد کوروش بر بحرین و عمان مسلط گردید . این تسلط در دوره اشکانیان نیز ادامه داشت . اردشیر ساسانی نیز پس از شکست اشکانیان و بنا نهادن حکومت ساسانیان به بحرین لشگر کشید . و بعد از یک ماه محاصره آن را به قلمرو خود اضافه نمود . ساسانیان نیز همچون اشکانیان برای تسلط بر مسیر تجارت دریای در بحرین اقدام به ساخت دژهایی نمودند .
بحرین تا ظهور اسلام در قلمرو امپراتوری ساسانی قرار داشت .
در دوره اسلام مهم ترین حکومت شکل گرفته در بحرین قرمطیان تا سال 467 هجری ودر پی انها عیونیان تا سال 636 بودند که اولین دولت ملی بحرین نیز نتیجه این دوران است درپی افول عیونیان ، بنی عقیل بن عامر حکومت عصافیر را شکل داد که 150 سال بر بحرین و حتی نجد حکومت کردند . نهایتا حکومت محلی جبور شکل گرفت که حکومتشان به ظهور اروپایی ها در خلیج فارس منتهی شد .
در سال 1521 میلادی پرتغالی ها توانستند بر بحرین مستولی شده و ان را به اشغال خود دراورند این اشغال 80 سال به طول انجامید تا نهایتا شاه عباس صفوی توانست انها را شکست داده و بحرین را به حوزه قلمرو صفوی الصاق نموده و نهال شیعه را در ان غرس کند . این حکومت که از سال 1602 میلادی اغاز شده بود تا دو قرن بعد ادامه داشت و در این دوران حکام پارس به صورت غیر مستقیم و به واسطه قبایل مهاجر عرب سنی که به بنی حواله معروف بودند و در زباره مستقر بودند و به حکومت فارس وابسته بودند و یا از طریق شهر بوشهر بر این منطقه حکمرانی میکردند . در سال 1753 طایفه نصر المذکور به دستور کریم خان زند به بحرین لشگر کشی نمود و به این ترتیب حکومت مستقیم ایران بر بحرین شکل گرفت . و درسال 1783 نصر در نبرد با بنی عتبه در زوباره بحرین را ازدست داد . که منجر به سکونت آل خلیفه در بحرین گردید.
دکتر پیروز مجتهد زاده سکونت ال خلیفه در بحرین را اینگونه روایت میکند که آل خلیفه در سال 1710 به همراه ال جلاهمه و ال صباح از نجد به کویت کنونی مهاجرت نمودند پنجاه سال بعد ال خلیفه به رهبری محمد بن خلیفه به سمت بحرین مهاجرت می نمایند . در سال 1765 به کمک ال جلاهمه وارد زباره (قطر کنونی) شدند . شیخ نصر که از طرف زندیه حاکم این منطقه بود خواست تا بنی حواله و ال خلیفه را تنبیه کند که زباره را محاصره می نماید اما شکست می خورد و نهایتا به فرزندش در بحرین پیکی میفرستد که مقاومت نموده تا از بوشهر نیروی کمکی بیاورد اما پیک اسیر ال صباح میشود که برای کمک به پسر عموهایشان راهی منطقه شده بودند لذا ال خلیفه با استفاده از این موقعیت به بحرین حمله نموده و شیخ نصر زمانی به بحرین می رسد که کار از کار گذشته و بحرین اشغال شده است . این دوران مصادف می شود با مرگ کریم خان زند در ایران و بحرین در سال 1783 به دست ال خلیفه می افتد آل خلیفه از همان زمان درگیر تعرض همسایگان و لشگر های بیگانه مستقر در خلیج فارس می شود که با منتسب کردن خود به ایران سعی میکند تا مانع حملات انها گردد.
در ابتدای قرن 19 بحرین مورد هجوم عمانی ها و سعودی ها قرار گرفت. در سال 1816 ولیام بروس نماینده مقیم سیاسی بریتانیا در خلیج فارس نامه ای از شیخ بحرین دریافت کرد که در آن نگرانی او از حمایت انگلیس از شیخ مسقط برای حمله به بحرین ابراز شده بود . نماینده انگلیس منکر این موضوع شده و در یک توافق غیر رسمی بی طرفی انگلیس را اعلام میدارد . بریتانیا ال خلیفه را به عنوان حاکمان بحرین در سال 1820 میلادی به رسمیت می شناسد .
در سال 1860انگلیس (حکومت هند انگلیس) قصد بحرین می کند. محمد بن خلیفه که توانسته بود حمله عثمانی را با انتساب خود به ایران دفع نماید این بار نیز با ارسال نامه به ناصر الدین شاه خود و برادران خود و مردم بحرین را تابع ایران اعلام میدارد. با فشار بیشتر سرهنگ پلی؛ محمد بن خلیفه از ایران کمک نظامی می خواهد که با توجه به عدم حمایت ایران؛ بحرین نهایتا حکومت عثمانی را بر خود می پذیرد. با عدم حمایت ایران انگلیس طی توافقی بین ال خلیفه و سرهنگ پلی در سال 1868 بحرین را تسخیر نمود. فیما بین بریتانیا و ال خلیفه معاهداتی منعقد شده است که از جمله میتوان به معاهدات ذیل اشاره نمود.
در سال 1861 براساس معاهده دوستانه ای انگلیس متعهد شد که از بحرین حمایت کند و در مقابل، شیخ بحرین متعهد شد که موارد شکایت خود را از تجاوزات دیگران به حکمیت و قضاوت انگلیسی ها واگذار نماید، و ضمنا حکمیت و رسیدگی به امور اتباع انگلیسی مقیم بحرین بعهده نماینده سیاسی آن دولت در خلیج فارس محول شود و به انگلیس اجازه داد که آزادانه در قلمرو او سکونت اختیار کرده و به تجارت بپردازد. همچنین پس از جنگ قطر(زباره) و بحرین؛ ال خلیفه در توافقی دیگر متعهد شد که حاکم بحرین نمیتواند منطقه خود را به غیر از انگلیس به دیگری واگذار نماید و بحرین برای هرگونه رابطه با کشور های خارجی باید رضایت بریتانیا را جلب نماید و در عوض انگلیس از ال خلیفه و بحرین در مقابل تجاوز دیگران حمایت خواهد کرد .
طی توافقات 1880 و 1892 که به امضای طرفین رسید نهایتا بحرین تحت قیمومیت انگلیس قرار گرفت و در سال 1892 رسما انگلیس بر بحرین حاکم شد . این اتفاق در زمانی رخ می دهد که ایران در قرارداد های ترکمنچای و گلستان بخشهایی از خاک خود را به روسیه واگذار می نماید .
در این دوران انگلیس توانست بحرین را تحت حاکمیت دو فاکتو چارلز بلگریو مدیریت نماید او به عنوان مشاور حاکم تا سال 1957 بر مسند مدیریت بحرین بود .او اصلاحات بسیاری را در بحرین ایجاد نمود از جمله می توان به احداث اولین مدارس مدرن پسرانه در سال 1919 و دخترانه در سال 1928 و از بین بردن برده داری در سال 1937 اشاره نمود.
اکتشاف و استخراج نفت برای اولین بار در کشور های حاشیه خلیج فارس در بحرین این کشور را در مسیر توسعه قرار داد. به طوریکه در سال 1930 اولین فرودگاه بحرین ساخته شد .
بحرین در جنگ جهانی دوم به نفع متفقین موضع گرفت . در دوران جنگ جهانی دوم مواضع و احساسات ضد انگلیسی در جهان عرب و بحرین شعله ور می شود این احساسات در بحرین به سمت یهود ستیزی میل می نماید به طوری که یهودیان در سال 1948ناگزیر از مهاجرت به هند و بعد انگلیس و فلسطین میشوند . در دهه 50 قرن بیستم اصلاح طلبان بحرینی با تشکیل کمیته اتحاد ملی خواستار حکومت انتخابی و عزل بلگریو شدند. که به عزل بلگریو در سال 1957 منتهی شد.
اولین حاکم بحرین شیخ عیسی امیر بحرین بود پس از او در سال 1935 فرزندش حمد به جای پدر نشسته و تا سال 1942 بر بحرین حکومت مینماید . با مرگ حمد بن عیسی فرزندش شیخ سلمان جایگزین وی گردید در سال 1945 شیخ سلمان فرزندش عیسی را به ولیعهدی منصوب نمود تا اینکه شیخ عیسی در سال 1961 بر جای پدر تکیه زد . عیسی بن سلمان در سال 1999 در حالی که حمد بن عیسی فرزندش ولیعهد او بود متوفی شده و حمد بن عیسی حاکم کنونی بحرین بر مسند پادشاهی تکیه میزند.
از ابتدا ایران دعوی مالکیت بر بحرین را داشته است و همانمطور که دربالا امد از زمان هخامنشیان اداره این جزیره در دست ایران بوده است بجز مدت محدودی که پرتغالی ها انجا را اشغال نمودند. نهایتا این ادعا در دوران تسلط انگلیس بر بحرین به مشکل ارضی بین طرفین تبدیل می گردد.تا جاییکه مجلس شورای ملی در سال 1957 بحرین به عنوان استان چهاردهم ایران اعلام میکند. دعوی ایران و انگلیس بر سر مالکیت بحرین پس از کش و قوس های 150 ساله خود در سال 1970 به سر انجام می رسد. انها توافق نمودند تا از سازمان ملل خواسته شود که از راه یک نظر خواهی عمومی در بحرین، سرنوشت این کشور تعیین گردد. کار نظر خواهی از روز 30 مارس 1970 آغاز شد و مدیر دفتر سازمان ملل در ژنو به نام “سینیور ویتوریو وینسپیره گیچاردی” از سوی دبیر کل وقت سازمان ملل مامور انجام این کار شد. وی پس از پایان ماموریت دو هفته ای خود در بحرین گزارش برداشتهای خود از صحبت با مردم بحرین را تسلیم دبیر کل سازمان ملل نمود که در آن آمده بود: اکثریت مردم بحرین خواهان آن هستند که سرزمین آنان رسما بعنوان کشوری مستقل با حاکمیتی کامل و با آزادی تعیین روابط با ملل دیگر شناخته شود.
با اعطای این گزارش، شورای امنیت قطعنامه 278 مورخه 11 مه 1970 که خواسته مردم بحرین را تایید می کرد صادر نمود و بدینوسیله استقلال بحرین رسما اعلام گردید و بحرین در 16 دسامبر 1971 رسما عضو سازمان ملل متحد شد و به عنوان یکصد و بیست و نهمین عضو آن در آمد. شاه ایران با عنوان اینکه بحرین جزیره ای بود که ذخایر مرواریدش تمام شده بود و دیگر به دردمان نمیخورد نسبت به این موضوع واکنش داد و نخست وزیر وقت ایران یعنی امیر عباس هویدا نیز با عنوان اینکه بحرین دخترخودمان بود و به هرکس که میخواستیم شوهرش دادیم نسبت به اعلام استقلال بحرین موضع گرفت .