کمبود آب شیرین طبیعی که تنها منبع آن سفره های زیر زمینی و چشمه های نشات گرفته از آن است از مهمترین مسائل زیست محیطی بحرین می باشد. هرچند بیش از 90 درصد اب شرب بحرینی ها از طریق بستر صنعتی آب شیرین کن ها تامین می شود اما در مواقع بحرانی این چشمه های طبیعی آب شیرین، تنها منبع تامین آب بحرین خواهند بود. از طرف دیگر شور شدن آب این چشمه ها علاوه بر کمبود آن تهدید زیست محیطی دیگری برای بحرین می باشد. از دیگر مخاطرات محتمل برای بحرین با توجه به بستر شوره زار آن خشکسالی و طوفان گرد و غبار می باشد .
دیگر چالش طبیعی بحرین باران های موسمی است که به صورت رگبار و در زمان کم باعث شکل گیری سیلاب ها در بحرین میشود. در حال حاضر این موضوع با مختل کردن تردد و اب گرفتگی سطح شهر، بحرینی ها را دچار چالش می کند.
تردد و پهلو گیری نفت کشها و تبدیل شدن بحر ین به درگاه صادرات مواد نفتی و انشعابات آن به تهدیدی برای آلودگی سواحل و به خطر افتادن حیات گیاهی مرجانی در این کشور تبدیل شده است. چرا که در کنار این فعالیت های اقتصادی و نفتی، نشت محصولات نفتی از نفتکشها ، پالایشگاه ، ایستگاه های توزیع و خطوط لوله موجود در بحرین اجتناب نا پذیر می باشد.